O Instituto de Psiquiatria funciona de acordo com diretrizes definidas pelo Conselho Deliberativo do Hospital das Clínicas da FMUSP. O HC é vinculado à Secretaria de Estado da Saúde (SES), para fins de assistência.

O atendimento ambulatorial e de internação prestados pelo hospital são remunerados principalmente pelo SUS, via SES. Também presta atendimento à população por meio de saúde suplementar e particular, regulamentados pelo Governo do Estado de SP e que pode destinar até 25% de sua capacidade para atender a esse público.

As outras pontas do tripé são o ensino e pesquisa, atribuições vinculadas ao Departamento de Psiquiatria da FMUSP.

O IPq é administrado por duas diretorias específicas: O Conselho Diretor, cujo presidente é o Prof. Dr. Wagner Farid Gattaz, e a Diretoria Executiva, cujo diretor é o Dr. Luciano Eduardo Maluf Patah.

Para o quadriênio 2015/2018 e em continuidade ao Programa Rumo à Excelência do IPq, o Prof. Wagner Gattaz, Presidente do Conselho Diretor, e o Dr. Luciano Patah, Diretor Executivo, instituíram o modelo de Planejamento Estratégico Situacional, participativo e multidisciplinar, baseado no processamento de problemas e com a participação ativa de aproximadamente 60 profissionais, de todos os setores da instituição.