O atendimento ambulatorial e de internação prestados pelo hospital são remunerados principalmente pelo SUS, via SES. Também presta atendimento à população por meio de saúde suplementar e particular, regulamentados pelo Governo do Estado de SP e que pode destinar até 25% de sua capacidade para atender a esse público.
As outras pontas do tripé são o ensino e pesquisa, atribuições vinculadas ao Departamento de Psiquiatria da FMUSP.
O IPq é administrado por duas diretorias específicas: O Conselho Diretor, cujo presidente é o Prof. Dr. Wagner Farid Gattaz, e a Diretoria Executiva, cujo diretor é o Dr. Luciano Eduardo Maluf Patah.
Para o quadriênio 2019/2022 e em continuidade ao Programa Rumo à Excelência do IPq, o Prof. Wagner Gattaz, Presidente do Conselho Diretor, e o Dr. Luciano Patah, Diretor Executivo, instituíram o modelo de Planejamento Estratégico Situacional, participativo e multidisciplinar, baseado no processamento de problemas e com a participação ativa de profissionais, de todos os setores da instituição.
