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O CEAPESQ abriga o Centro de Pesquisa Clínica CPC do IPq, sob a coordenação atual do Prof. Guilherme Vanoni Polanczyk, do Departamento de Psiquiatria da FMUSP. O objetivo é promover o desenvolvimento de todas as fases de ensaios clínicos de farmacológicos e não farmacológicos e outras formas de pesquisa clínica, de acordo com normas internacionais de qualidade de pesquisa. Graças ao financiamento da FINEP, o CEAPESQ conta com áreas específicas para os prontuários de pesquisa clínica (arquivos deslizantes), sala de medicações e dois consultórios adaptados para os procedimentos necessários à realização de pesquisas clínicas dentro dos padrões exigidos.